राष्ट्र-निर्माण की चुनौतियाँ विभाजन की सबसे कठिन व भयानक समस्या अल्पसंख्यकों की थी। पाकिस्तान में हिंदू व सिखों की बड़ी तादाद थी जबकि भारत में मुसलमान अल्पसंख्यको की संख्या कुल आबादी का 12 प्रतिशत थी। शरणार्थियों का पुनर्वास भी सरकार के लिए एक समस्या थी।
